"You are Not Alone" necesitó diez días de trabajo, cinco para grabar las escenas que se repartieron en el "Pantages Theatre de New York" y las escenas de interiores en un estudio de la misma ciudad. Muchas tomas donde aparece Michael en un fondo desértico y montañoso fueron agregadas mediante la técnica del fondo azul y pertenecen al valle de Monterey del estado de California.

Los otros cinco días fueron necesarios para la edición de efectos especiales y pegado de escenas, estos se realizaron en la ciudad de Santa Mónica, en los estudios Pacific Ocean Post.

El director del clip Wayne Isham (el mismo director del video de Ricky Martin "She Bangs") dijo: "Trabajar con Michael es formidable, tiene una personalidad fascinante. En cuanto a Lisa Marie, ella es formidable y tiene gran sentido del humor..."